在2029年的日本高科技城市「新港市」，人類逐漸義體化。除了大腦之外，其他身體器官都被生化電子取代，甚至連大腦也被改裝為電子腦，具有網絡通訊功能。義體人草薙素子少校隷屬專門打擊新型態科技犯罪的精英特殊部隊公安九課，率領其他隊員調查一單兇殺案，開始追查神祕黑客「傀儡師」，「傀儡師」能透過網絡入侵人腦，竄改受害人的記憶。在查案的過程中，公安九課不僅發現傀儡師並非人類，更揭發了駭人的秘密……